Porážka stavovského odboje v bitvě na Bílé Hoře dosavadní náboženský vývoj zvrátila. Vilém Dubský byl vypovězen, jeho majetek zkonfiskován a novoměstské panství prodáno císařskou komorou kardinálu z Ditrichštejna. Všichni nekatoličtí kazatelé museli pod trestem ztráty majetku i života opustit zemi a na jejich místa byli dosazeni katoličtí duchovní. V roce 1627 byl vydán císařský mandát o protireformaci, kterým byla evangelická církev prohlášena za zločinnou a obyvatelstvu nařízeno buď přestoupit do církve katolické, nebo odejít ze země. Poslední kališnický duchovní v Novém Městě Mikuláš Heliades Netolický byl vypovězen a odešel do vyhnanství neznámo kam. Na jeho místo byl dosazen katolický kněz Jakub Ignátus Germánus.

Obyvatelstvo zbavené svých duchovních a podřízené nové katolické vrchnosti bylo tresty a výhrůžkami donuceno přijmout jediné přípustné katolické náboženství. Evangelická církev byla zlikvidována. Přesvědčením však mnozí zůstávali evangelíky. Svou víru posilovali čtením pečlivě ukrývaných biblí, postil a kancionálů. Novým Městem procházeli také tajní kazatelé, kteří rozprášené evangelíky povzbuzovali čtením Písma a tajným podáváním chleba a kalicha. Současně přinášeli nové knihy. Zbytky tajných evangelíků byly posilovány i příchozími z Německa, kteří přicházeli pracovat do hutí na Křižánkách a na Fryšavě a přinášeli s sebou luterské a kalvínské vyznání.

Tajná shromáždění jsou doložena v Olešné, v Zubří, v Novém Městě i na dalších místech. Z protokolů o výsleších tajných evangelíků víme, že někteří odcházeli na shromáždění dokonce až do Uher.

V zapovězených knihách spatřovala katolická církev pilíř tajného evangelictví, a proto bylo jejich držení tvrdě postihováno. První velká akce proti držitelům zakázaných knih proběhla na Novoměstsku v letech 1720 - 1730. Velmi horlivě je vyhledával a shromažďoval neblaze proslulý páter Kořísko. K vyhledávání knih používal seznam závadných knih, tzv. „Klíč kacířské bludy k rozeznání otvírající“. Jak horlivý byl Kořísko ve své činnosti, dokazují jeho udání. Usvědčuje v nich nejen majitele a čtenáře knih, ale i ty, kteří si tajně a třeba v noci zpívali žalmy.

Nebezpečí prozrazení a tvrdé tresty nutily k ostražitosti. Knihy se skrývaly na nejrůznějších místech. Na Rokytně u Šínů schovávali Bibli, která byla narychlo obalena těstem a upečena. Nejmenším trestem za dopadení byla konfiskace knih, dále následovaly pokuty, bití, ztráta majetku, až doživotní žalář na Špilberku.

Přesto je podle soupisu zabavených knih jisté, že tajná expedice a čtení zakázaných knih bylo na Novoměstsku značně rozšířeno. Pronásledování tajné evangelíky vnitřně upevňovalo a posilovalo. Pravý stav náboženského smýšlení se projevil v 18. století, když došlo ke změnám v náboženské politice státu.