Čtyřicáté výročí postavení chrámu v roce 1938 připadlo na dobu těžkého ohrožení republiky. Na oslavy nebylo pomyšlení.

V témže roce byly pro chrám pořízeny tři nové zvony. Němci je však brzy zabavili jako materiál ke zbrojní výrobě.

Vedle Vincence Vašíře nastoupil v našem sboru farář Václav Kejř. Byl to vynikající kazatel. V jeho kázáních ožívaly zástupy Božích bojovníků, statečných vyznavačů a trpělivých modlitebníků doby temna. Refrénem jeho kázání byla jistota, že „Babylon padnout musí“. Slovo Boží jím zvěstované se pro mnohé stalo posilou víry a pramenem naděje. Chrám se naplňoval lidmi, hledajícími v těžkých dobách útěchu a potěšení.

Mnozí z členů sboru se zapojovali do odbojových skupin, mnozí poskytovali pomoc partyzánům. Byly i oběti na životech.

Několik farářů naší církve bylo zatčeno a uvězněno, někteří ve vězení či koncentračním táboře zahynuli, jiní se museli skrývat. Ale církev žila a mnozí její členové osvědčili v té těžké době svou statečnou a neotřesitelnou víru.

Ke konci války byl tehdejší synodní senior dr. Josef Křenek, syn novoměstského sboru, vykázán z Prahy. Pobýval v té době v Novém Městě a konal zde biblické hodiny. Presbyterna nestačila pojmout množství účastníků.