Konec války byl v Novém Městě poznamenám několika přestřelkami. I chrám byl tenkrát zasažen kulometnými střelami z přeletujících letadel.

Po válce se život sboru zdárně rozvíjel.V roce 1946 byla postavena nová fara a stará později prodána. Téhož roku zemřel farář a senior Vincenc Vašíř. Do sboru pak byli zváni na pomoc bratři vikáři: postupně Jan Žilka, Jaroslav Bartička, Jaroslav Pfann a Jiří Kabíček.

V roce 1948 oslavil sbor padesáté výročí postavení chrámu. Byl také rozšířen evangelický hřbitov v Novém Městě. Brzy poté tu byl pohřben synodní senior dr. Josef Křenek, jehož pozoruhodný náhrobek tvoří střed hřbitova.